Tradycyjnym sposobem zdobywania najbardziej wartościowego materiału na bonsai jest pozyskanie odpowiednich roślin ze stanowisk naturalnych. W wielu krajach, między innymi u nas, wykopywanie drzewek i krzewów z ich naturalnych stanowisk jest zabronione. Każdy początkujący twórca bonsai chciałby jednak jak najszybciej uzyskać efekt swojej pracy. Szansą dla niego jest wyszukanie i kupno odpowiedniego drzewka w szkółkach drzew i krzewów ozdobnych. Można tam znaleźć, zwłaszcza w szkółkach starych i zaniedbanych, drzewka, z których już po niewielkiej korekcie łatwo sformować bonsai.

Przy wyborze drzewka ze szkółki należy kierować się pewnymi regułami. Podstawą jest znajomość przynajmniej głównych stylów bonsai, gdyż wybierając drzewko musimy od razu przewidzieć, w jakim stylu będziemy je prowadzić. Jak wspomniano wcześniej, na bonsai nadają się drzewka o małych liściach lub krótkich igłach, posiadające pień o średnicy co najmniej 1 cm. Niestety, w czasie wybierania ze szkółki drzewek liściastych przeważnie będą one w stanie bezlistnym. Dlatego niezbędna jest teoretyczna wiedza o danym gatunku lub wcześniejsza, w okresie wegetacji, lustracja drzew.

Szczególną uwagę należy zwrócić na nasadę pnia. Najbardziej pożądane jest, aby pień rozszerzał się przy ziemi na wszystkie strony, co jest charakterystyczne dla drzew starych i jednocześnie sprawia wrażenie, że drzewko jest solidnie umocowane w podłożu. Gałęzie wybranego drzewka powinny wyrastać jak najniżej, a stosunek ich grubości do grubości pnia powinien być jak najbardziej zbliżony do proporcji spotykanych u starych drzew. Największy kłopot sprawi znalezienie drzewka o odpowiednio grubym pniu (w stosunku do jego wysokości).

Opisane powyżej cechy koniecznie trzeba uwzględnić przy wyborze drzewek starszych, których wygląd trudno jest już skorygować. Wybierając dwu- lub trzyletnie drzewka nie zwracamy takiej uwagi na szczegóły pokroju, który w późniejszym czasie sami ukształtujemy.