Szczepienie stosuje się w uprawie bonsai, gdy nie udają się inne sposoby rozmnażania, gdy chcemy zmienić pokrój rośliny lub gdy chcemy, aby powtórzone zostały cechy rośliny matecznej. Zabieg ten polega na spowodowaniu zrośnięcia się rośliny rozmnażanej –   zwanej zrazem, z inną rośliną lub jej częścią – nazywaną podkładką. Szczepienie udaje się, jeśli zraz i podkładka należą do jednego gatunku lub do gatunków blisko spokrewnionych. Terminy szczepień i cięcia zrazów uzależnia się od gatunku rośliny i znaleźć je można w literaturze specjalistycznej. Poniżej są omówione jedynie te techniki szczepień, które stosuje się w sztuce bonsai w celu poprawienia kształtu drzewek.

Szczepienie w szparę boczną jest stosowane w celu dosztukowania drzewkom brakujących gałązek lub skrócenia zbyt długiego pnia drzew iglastych lub liściastych zimozielonych. Zabieg wykonujemy w lecie lub zimą w warunkach szklarniowych na cienkich pniach i gałęziach. Zraz o długości 4-5 cm przycina się w klin. Na podkładce wykonuje się ostrym nożem długie, skośne cięcie. W powstałą szparę wstawia się zraz ukośnie, tak aby powierzchnie cięcia zrazu i podkładki ściśle przylegały do siebie. Miejsce szczepienia smaruje się maścią sadowniczą lub zalepia woskiem i mocno obwiązuje łykiem, rafią lub paskami z gumy lub folii. Jeśli w następnym sezonie zraz rozpocznie wegetację, znaczy to, że zabieg się udał.

Specyficzna odmiana tego sposobu szczepienia jest stosowana przy redukowaniu zbyt długiego pnia drzewka. Zrazami w tym przypadku są młode siewki, przycięte w ten sposób, aby pozostały tylko korzenie z kilkucentymetrowym odcinkiem pnia. Na wybranej wysokości podkładki wykonujemy na obwodzie pnia kilka nacięć, w które wstawiamy przycięte w klin pnie zrazów. Miejsce szczepienia obwiązujemy łykiem i otulamy wilgotną mieszaniną piasku z torfem. Całość okrywamy folią. Jeśli zabieg się uda, odcinamy pień pod zaszczepionymi korzeniam. Metoda ta stosowana jest u drzew liściastych.

Szczepienie przez zbliżenie stosuje się w sztuce bonsai głównie w celu dosztukowania brakujących gałęzi. Jest to jedyny rodzaj szczepienia, przy którym zraz jest oddzielany od rośliny matecznej dopiero po zrośnięciu się z podkładką. W wyjątkowych wypadkach zraz i podkładka należą do tej samej rośliny.
Szczepienie przez zbliżenie polega na wycięciu na podkładce i zrazie pasków kory długości 3-4 cm i zetknięciu zraza z podkładką powierzchniami cięć. Całość obwiązujemy łykiem, rafią lub paskami z gumy i smarujemy maścią ogrodniczą. Po zrośnięciu się zraza z podkładką, co może trwać nawet kilka miesięcy, odcinamy zraz poniżej, a podkładkę powyżej miejsca szczepienia. W niektórych wypadkach podkładki nie ucinamy.