Na dno pojemnika nasypujemy jednocentymetrową warstwę żwiru, jako warstwę drenażową, a następnie przygotowaną wcześniej mieszankę glebową, której składnikami są torf, glina i piasek rzeczny. Torf charakteryzuje się dużą pojemnością wodną i powietrzną. Funkcją gliny w mieszance jest działanie buforujące, to znaczy zdolność do utrzymywania odczynu na stałym poziomie. Piasek zwiększa przewiewność i przesiąkliwość mieszanki. Najlepiej jest, gdy wszystkie komponenty mieszanki zawierają cząstki o wielkości 0,5-1,5 mm. Uzyskuje się to przez przesianie wcześniej wysuszonych składników: najpierw przez sito o oczkach 1,5 mm i odrzucenie frakcji pozostałej na sicie, a później przez sito o oczkach 0,5 mm. Na sicie pozostaje frakcja, którą używamy do zrobienia mieszanki glebowej. W podobny sposób postępujemy ze wszystkimi komponentami.
Kolejną czynnością jest dokładne wymieszanie składników w odpowiednim stosunku. Dla drzewek liściastych najbardziej uniwersalna jest mieszanka składająca sie z jednakowych części objętościowych torfu, gliny oraz piasku. Wyjątkiem są kwasolubne azalie i rododendrony, dla których stosuje się 5 części torfu na 2 części gliny i 2 części piasku. Dla drzew starszych używa się mniej torfu, ograniczając w ten sposób ich wzrost.
Podane powyżej recepty na sporządzenie mieszanki dla bonsai nie wyczerpują wszystkich możliwości. Istnieje duża dowolność w sposobie sporządzania mieszanki glebowej, naturalne więc jest eksperymentowanie i dodawanie innych, posiadanych przez nas składników. Każdy twórca bonsai posiada własny przepis na sporządzenie podłoża i często te przepisy znacznie się różnią. Niektórzy używają zamiast torfu rozłożonego obornika, ziemi liściowej lub kompostowej wzbogaconych dodatkowo wolno działającymi nawozami organicznymi, jak mączka kostna, krew suszona lub mączka rybna. Komponenty zawierające dużo części organicznych, jak ębornik, ziemia kompostowa i liściowa, powinny być przed użyciem wyjałowione wrzącą wodą oraz spryskane insektycydem i fungicydem, bądź też poddane parowaniu.