Uprawa drzewka lub krzewu z nasienia wymaga bardzo wiele cierpliwości. Wielu mistrzów bonsai woli jednak ten sposób uprawy. Nagrodą jest bowiem możliwość obserwacji wzrostu rośliny od początku, a ponadto ingerencja we wczesnej fazie rozwoju pozwala wcześniej osiągnąć ciekawą formę drzewka lub krzewu. Z wyjątkiem odmian hodowlanych prawie wszystkie drzewa i krzewy stosowane w sztuce bonsai można łatwo rozmnażać generatywnie. Z nasion rozmnaża się takie drzewa i krzewy, jak cisy (Taxus), świerki (Picea), sosny (Pinus), modrzewie (Larix), jodły (Abies), klony (Acer), brzozy (Betula), buki (Fagus), ogniki (Pyracantha), miłorzęby (Ginkgo), graby (Carpinus), brzostownice (Zelkova) oraz wiele innych. Trudno rozmnaża się z nasion np. jałowce (Juniperus) czy klony palmowe (Acer palmatum). Najwygodniej byłoby zaopatrzyć się w kwalifikowane nasiona w specjalistycznej firmie nasiennej. Niestety, interesujące nas nasiona są dostępne jedynie na rynkach zachodnioeuropejskich. W sklepach ogrodniczych posiadających dział bonsai można tam kupić nawet nasiona importowane z Japonii. Nie mając możliwości zaopatrzenia się w kwalifikowane nasiona z zagranicy, możemy z powodzeniem uprawiać bonsai z nasion zebranych własnoręcznie. Ma to również tę zaletę, że zbieramy je z drzew rodzimych lub obcych, lecz już zaaklimatyzowanych.

W naszym klimacie porą zbioru nasion większości drzew i krzewów jest wrzesień i październik. W tym okresie, podczas spacerów po parkach i lasach, możemy zaopatrzyć się w potrzebne nam nasiona.

Drzewa i krzewy iglaste, zaliczane do gromady nagozalążkowych, nie tworzą owoców. Ich nasiona są nie okryte i są tylko luźno związane z szyszką czy szyszkojagodą. Z tego względu w czasie zbioru należy zachować szczególną ostrożność, aby nie spowodować ich osypywania się. Drzewa i krzewy z gromady okrytozalążkowych wytwarzają łatwe do zauważenia owoce, często kolorowo wybarwione lub mające charakterystyczne kształty. Na pewno wszyscy znają jabłkowaty owoc ognika, orzechy buka, skrzydlaki klonu i brzozy czy też torebki wierzby.