Laski i grupy drzew najkorzystniej wyglądają w pojemnikach owalnych, dużych, lecz bardzo płytkich. W stylach skalnych pojemnik musi harmonizować nie tylko z formą i wielkością drzewka, lecz także ze strukturą i kolorem powierzchni skały. Niezależnie od znaczenia estetycznego pojemnik ma również znaczenie czysto praktyczne, gdyż ogranicza wzrost drzewka. Stosowane w uprawie bonsai pojemniki o małej objętości nie zezwalają na nadmierne rozbudowanie systemu korzeniowego drzewka, co z kolei powoduje zahamowanie wzrostu jego części nadziemnej.

Charakterystyczne dla pojemników używanych w sztuce bonsai są duże otwory drenażowe w dnie pojemnika. Otwory te, co najmniej dwa o średnicy około 2 cm, służą do odpływu nadmiaru wody z podłoża i lepszej cyrkulacji powietrza, co poprawia warunki rozwoju systemu korzeniowego. Przez otwory te można też przeciągnąć drut, za pomocą którego mocujemy drzewko w płytkim pojemniku. Przeważnie pojemniki są wyposażone w małe nóżki umożliwiające dostęp powietrza do otworów drenażowych. Zamiast pojemników wykorzystuje się czasami płaskie kawałki skały. Musi to być skała twarda, o szorstkiej powierzchni, nie może być krucha lub zbyt gładka. Kolor skały musi być dopasowany do koloru drzewka. Skały bardzo jasne nie są odpowiednie do tworzenia bonsai. Kształt i wielkość skały nie może „przytłaczać” drzewka. Najbardziej odpowiednia jest skała o kształcie podłużnym lub skorupowatym – Funagata. Nie zaleca się natomiast stosowania skał o kształtach symetrycznych.

Zastosowanie pojemników zależnie od stylu bonsai