Pogrubianie nasady pnia
Równie ważnym elementem, na który należy zwrócić uwagę podczas tworzenia bonsai, jest pień. Jest on osią drzewa i w głównej mierze decyduje o wizualnym zrównoważeniu całości kompozycji. Kształt pnia jest głównym wyróżnikiem stylu bonsai. Przeważnie jest on odsłonięty, a zatem szczególnie zwraca uwagę.

Prawidłowo zbudowany pień powinien zwężać się równomiernie od nasady aż do wierzchołka. Blizny po odciętych konarach powinny być jak najmniej widoczne. Trudnością, z którą musi sobie poradzić twórca bonsai, jest uformowanie drzewka o średnicy pnia proporcjonalnej do jego wysokości. Na ogół pień jest zbyt cienki i trzeba go pogrubić. Jedną z metod jest pozostawienie nisko rosnących konarów.