Podlewanie i zraszanie – Zapewnienie odpowiedniej ilości wody roślinom ma szczególne znaczenie, gdy rośliny te rosną w pojemnikach. Dla bonsai, sadzonych w płytkich naczyniach, brak wody jest podstawowym czynnikiem ograniczającym ich prawidłowy rozwój i mogącym doprowadzić do zwiędnięcia roślin. Równie szkodliwy jak brak wody jest jej nadmiar. Może on spowodować gnicie korzeni i obumieranie roślin. Przed nadmiarem wody zabezpieczają roślinę duże otwory drenażowe w dnie pojemnika oraz odpowiednia struktura mieszanki glebowej. Bonsai z reguły są bardziej narażone na brak wody niż na jej nadmiar.
Generalną zasadą jest utrzymywanie podłoża w stanie wilgotnym o każdej porze dnia i roku. Najlepszą wodą do podlewania roślin jest woda deszczowa, zbierana do ceramicznych lub drewnianych pojemników. Zbiorników metalowych lub plastykowych lepiej jest nie używać. Do podlewania dobra jest też woda z rzek i jezior, jeśli nie jest zanieczyszczona. Jeśli jesteśmy zmuszeni używać wody z sieci wodociągowej, należy ją odstawić na 2-3 dni przed użyciem. W tym czasie uwalnia się z niej szkodliwy dla roślin chlor, a ponadto woda wodociągowa, przeważnie zbyt zimna, ogrzewa się.
Korzystając z deszczówki dobrze jest dodać do niej niewielką ilość insektycydów w celu uniemożliwienia rozwoju larw owadów. Preparat należy dodać w takiej ilości, aby stężenie roztworu było 4-krotnie mniejsze niż zalecane do oprysków ochronnych.
Trudno określić ilość wody potrzebnej jednorazowo do podlania miniaturowego drzewka, nie można również przewidzieć częstotliwości podlewania. Ilość wody i częstotliwość podlewania są różne w zależności od gatunku rośliny, struktury podłoża, w którym rośnie, wielkości i rodzaju pojemnika. Podlewając rośliny trzeba wziąć pod uwagę również stanowisko drzewa, porę roku, nasłonecznienie, temperaturę i wilgotność powietrza. Rośliny powinny być podlewane, gdy podłoże w pojemniku jest jeszcze lekko wilgotne. Jeśli dojdzie do przesuszenia podłoża, to cały pojemnik trzeba zanurzyć w wodzie na kilkanaście minut. Najlepszą porą dnia na podlewanie jest ranek. Wiosną wystarcza podlać rośliny raz dziennie. Latem, gdy takie podlewanie nie wystarcza, drugi raz podlewamy po południu. Jesienią również wystarczy podlewanie raz dziennie, a gdy nadejdą pochmurne dni, można je całkiem ograniczyć, kontrolując jednakże podłoże, aby nie dopuścić do jego przesuszenia. W okresie spoczynku zapotrzebowanie roślin na wodę jest dużo mniejsze. Rośliny przechowywane w szklarniach wystarczy lekko podlać raz dziennie w czasie słonecznych dni. W dni pochmurne podlewanie całkiem ograniczamy.
Podlewanie ograniczamy wtedy, gdy drzewko jest chore lub ma przycięte mocno korzenie albo obcięte liście. Pobieranie wody przez korzenie jest w takich przypadkach przyhamowane ze względu na osłabienie drzewka i zmniejszenie zapotrzebowania na wodę.
Użycie konewki zapobiega wymywaniu podłoża z pojemnika podczas podlewania. Najlepsza do podlewania bonsai jest konewka o pojemności 1-2 l z małym sitkiem o drobnych otworach. Podlewanie należy kontynuować dopóty, dopóki z otworów w dnie pojemnika nie zacznie kapać woda. Gwarantuje to maksymalne wykorzystanie pojemności wodnej mieszanki glebowej.