Miniaturowe drzewa i krzewy, jak każde organizmy żywe, narażone są na działanie czynników zakłócających ich prawidłowy wzrost i rozwój. Aby zaoszczędzić sobie w przyszłości kłopotów, trzeba od początku zapobiegać rozwojowi czynników chorobotwórczych.
Wybierać drzewko można tylko spośród roślin o zdrowym wyglądzie, a wszystkie siewki i sadzonki z niewielkimi nawet objawami chorobowymi z miejsca należy eliminować. Wszystkie pojemniki, naczynia i narzędzia, a także komponenty mieszanek glebowych powinny być odkażone przed użyciem.
Wybierając stanowisko dla bonsai, w miarę możliwości należy odizolować je od roślin i plantacji porażonych przez choroby lub zaatakowanych przez szkodniki. Wyrastające w pojemnikach chwasty trzeba jak najwcześniej usuwać.
Najlepszym zabiegiem profilaktycznym jest jednak umiejętna uprawa i pielęgnacja. Silna roślina jest w mniejszym stopniu narażona na chorobę lub atak szkodników, a jeśli już to się zdarzy, to odpowiednio wczesne wykonanie zabiegu pozwoli zahamować ich rozwój.
W walce z chorobami i szkodnikami można stosować sposoby mechaniczne lub chemiczne. Jeśli to tylko jest możliwe, zalecane jest stosowanie sposobów mechanicznych. Polegają one na ręcznym zbiorze i niszczeniu szkodników oraz na usuwaniu i niszczeniu porażonych chorobą roślin lub ich części.
Rozwój roślin może być zakłócony przez czynniki nieożywione, np. zbyt niskie lub zbyt wysokie temperatury, zbyt małe lub zbyt duże nasłonecznienie, silny wiatr, brak lub nadmiar wody, nieodpowiednie podłoże, nieodpowiednie nawożenie i trujące gazy. Jest to tylko kilka z najważniejszych czynników powodujących choroby fizjologiczne. Inną grupę chorób wywołują organizmy żywe, np. wirusy, bakterie i grzyby.
Jeśli niepokoi nas wygląd drzewka, zasadniczą sprawą jest znalezienie przyczyny choroby. W wypadku obecności szkodników widocznych gołym okiem sprawa jest prosta, chociaż trzeba pamiętać, że często atakowane są rośliny wcześniej osłabione chorobą.
Ochrona drzew i krzewów przed chorobami i szkodnikami jest obszerną dziedziną nauki, przekraczającą ramy tej książki. Poniżej podane są jedynie ogólne wskazówki w przypadku najczęściej występujących chorób i szkodników.