Prawidłowe pielęgnowanie bonsai bardzo ułatwiają specjalne narzędzia. Oczywiście, nie wszystkie narzędzia zalecane do kształtowania bonsai będą od razu potrzebne do formowania rośliny.
Podstawowym wyposażeniem jest jedna lub kilka par specjalnych nożyc, które służą do przycinania gałęzi różnej grubości. Są one tak skonstruowane, że po zabiegu pozostaje gładka powierzchnia. Jest to bardzo ważne, gdyż miniaturowe drzewka ciągle się przycina, udoskonalając ich kształt.
Za pomocą dużych nożyc do bonsai przycina się pędy średnio grube, natomiast wąskie nożyce są wykorzystywane do skracania pędów delikatniejszych, przede wszystkim wyrastających na konarach w głębi korony.
Dzięki właściwemu cięciu nadajemy pędom pożądany kształt. W zależności od tego, przed którym liściem skracamy pęd, określamy kierunek, w jakim ma rosnąć następny pęd.
W kącie każdego liścia rozwija się bowiem pąk, wskazujący już stronę, w którą będzie rósł wyrastający z niego pęd. Pąk znajdujący się na szczycie pędu jest zawsze szczególnie dobrze zaopatrywany w hormony wzrostu. Do przedłużenia gałęzi najlepiej wybierać pąki znajdujące się na spodniej stronie pędu. Takie pędy rosną przeważnie poziomo, dzięki czemu drzewko wygląda harmonijnie.
W celu uzyskania silniejszego rozgałęzienia należy wybierać pąki skierowane w bok. Chcąc pobudzić równoczesny rozwój wielu pąków wzdłuż jednej gałęzi, można zmniejszyć powierzchnię liści. Normalnie liście stają się coraz większe, im bardziej się oddalają od nasady w kierunku wierzchołka pędu. Możemy zmniejszyć liście przez przycinanie ich blaszek. Pracę wykonuje się w ten sposób, że liść na końcu pędu zostaje przycięty do możliwie najmniejszych rozmiarów, a później zostawiamy powierzchnię liści coraz większą w miarę zbliżania się do nasady pędu. Dzięki temu z pąków wyrośnie o wiele więcej pędów niż przedtem.