Każda roślina potrzebuje do życia pewnej ilości składników mineralnych. Są one pobierane z gleby przez system korzeniowy, a rozprowadzane do wszystkich organów rośliny przez tkanki przewodzące.
W związku z tym, że ilość podłoża, w którym rośnie miniaturowe drzewko jest niewielka, szybko sie ono wyjaławia. Część składników mineralnych jest pobierana przez roślinę, część jest wypłukiwana na skutek podlewania. Nawożenie, czyli dostarczenie roślinie składników mineralnych, jest zatem zabiegiem koniecznym, gdyż brak tych składników powoduje zaburzenia rozwoju, a w konsekwencji nawet śmierć rośliny.
Drzewka starsze i wolno rosnące nawozi się rzadziej i w mniejszych dawkach, natomiast młode rośliny, rosnące szybciej, nawozi się częściej i stosuje większe dawki nawozów. Drzewa i krzewy iglaste, jako wolniej rosnące, mają mniejsze zapotrzebowanie na składniki mineralne niż szybciej rosnące drzewa i krzewy liściaste.
Wszystkie rośliny nawozi się tylko w okresie wegetacji – od kwietnia do połowy sierpnia. Jedynie drzew i krzewów o ozdobnych kwiatach lub owocach nie należy nawozić w czasie kwitnienia lub owocowania.
W uprawie miniaturowych drzewek nie znalazły zastosowania nawozy mineralne, jako zbyt szybko i silnie działające. Byłyby one ponadto zbyt szybko wymywane w wyniku częstego podlewania. W przypadku zasilania roślin nawozami mineralnymi łatwo mogłoby dojść do przedawkowania nawozu, co jest o wiele groźniejsze dla drzewek niż chwilowy niedobór składników pokarmowych. W uprawie bonsai lepiej jest dostarczać roślinom składniki pokarmowe stosując wolno rozkładające się substancje organiczne. Należą do nich: śruta rzepakowa, wióry rogowe, mączka kostna, krew suszona, mączka rybna, olej jadalny, obornik lub kurzeniec. W wielu krajach powszechnie są używane mielone nasiona bawełny. Czasem stosuje się popiół z drewna lub słomy, który nie zawiera co prawda substancji organicznych, lecz ma powolne działanie. Substancje te można stosować osobno lub też mieszać je i sporządzać z nich pasty, proszki lub płyny. Najpopularniejszą formą nawożenia bonsai jest wykładanie na powierzchni ziemi w pojemniku kulek sporządzonych z pasty. Pastę taką można zrobić mieszając 8 części oleju z 2 częściami mączki rybnej. Podczas mieszania dodaje się niewielką ilość wody. Inny rodzaj pasty otrzymuje się przez zmieszanie 2 części śruty rzepakowej z 1 częścią krwi suszonej z niewielkim dodatkiem wody. Składniki należy dobrze wymieszać doprowadzając całość do konsystencji gęstej pasty.
Z pasty formuje się kulkę, którą przed położeniem na powierzchnię ziemi w pojemniku spłaszcza się do grubości 1 cm. Nawóz w takiej formie należy położyć w połowie odległości między brzegiem pojemnika a pniem drzewka. Kulka nawozu sporządzona z pasty o objętości 1 czubatej łyżki stołowej zawiera ilość składników mineralnych wystarczającą roślinie posadzonej w czterolitrowym pojemniku na okres 1-2 miesięcy. Zamiast kulek można uformować z pasty wałeczek o średnicy 2,5 cm, z którego odcinamy kawałki długości również 2,5 cm. Porcja taka równa jest ilości pasty, którą zawiera czubata łyżka stołowa.
Nawóz położony w pojemniku dobrze jest spryskać niewielką ilością środka owadobójczego, aby zapobiec wykorzystywaniu go przez owady. Pierwsze objawy rozkładu nawozu są widoczne po 2-3 tygodniach w postaci białej pleśni, a po pewnym czasie w miejscu stosowania nawozu zaczyna pojawiać się mech.