Formowanie jest to ciąg zabiegów, które łącznie z ograniczeniem przez pojemnik wzrostu korzeni powodują miniaturyzację drzewka i nadają mu wygląd drzewa starego. Zabiegi formujące -to nadawanie kształtu pniom, cięcie i kształtowanie gałęzi, przycinanie i uszczykiwanie nowych pędów, cięcie liści i sztuczne postarzanie wyglądu. Formowanie można podzielić na podstawowe oraz ciągłe. Przez formowanie podstawowe rozumiemy zabiegi kształtujące bonsai z „surowego” drzewka lub krzewu. Formowanie ciągłe ma na celu utrzymanie i ulepszenie osiągniętej wcześniej formy.
Liczba zabiegów formowania podstawowego będzie oczywiście mniejsza, jeśli zdobędziemy drzewko o formie zbliżonej do bonsai. Niestety, bardzo rzadkie są przypadki, gdy nasza ingerencja jest zbędna.
Kształtowanie bonsai opiera się na wzorach japońskich; twórcy europejscy nie stworzyli jeszcze własnych reguł, którymi można by się kierować. Naczelną zasadą jest wzorowanie bonsai na drzewach rosnących w naturalnym środowisku. Godne polecenia jest zatem kolekcjonowanie zdjęć drzew o interesujących kształtach i formowanie bonsai na ich wzór.
Jednym z najważniejszych warunków otrzymania dobrego bonsai jest właściwe uformowanie nasady pnia. Nasada winna wywoływać wrażenie, że drzewko jest solidnie związane z podłożem, co jest charakterystyczne dla drzew starych. Średnica nasady powinna wynosić 1 /6 wysokości drzewka, jednak ukształtowanie drzewka o takiej proporcji wymiarów jest często bardzo trudne. Przejście pnia w mocne, rozgałęziające się na wszystkie strony korzenie to atrybut ładnego bonsai.
Często spotykaną wadą nasady jest brak korzeni na jakimś odcinku obwodu pnia. Można spowodować ich wyrastanie przez nacięcie tego miejsca ostrym dłutem lub wywierceniu w tym miejscu otworów za pomocą wiertarki. Po takim zabiegu nasadę pnia łącznie ze zranionym miejscem obsypujemy mieszanką torfu i piasku w proporcji 1:1, otaczając całość plastykowym paskiem wysokości 2-3 cm, aby mieszanka nie zsuwała się na boki. Zabieg ten wykonujemy wiosną, dbając o to, aby gleba była zawsze wilgotna. Po roku lub dwóch, gdy wyrosną korzenie, górną ich część odsłaniamy, przyzwyczajając je powoli do słońca.