Pień drzewka, którego gałęzie są skierowane ku dołowi, wydaje się krótszy od pnia drzewka tej samej wysokości, lecz o gałęziach skierowanych ku górze. Trzeba o tym pamiętać, gdyż jest to równie ważne jak to, jaki kształt należy nadać drzewkom formowanym w czterech podstawowych stylach, aby mimo zminiaturyzowania zachowały naturalną formę i aby wyglądały atrakcyjnie.
Formowanie podstawowe zawsze rozpoczynamy od usunięcia nieprawidłowo rosnących gałęzi. Za takie uważa się gałęzie rosnące równolegle, wyrastające na tej samej wysokości naprzeciw siebie (lub nawet z tego samego miejsca), krzyżujące się z pniem łub skierowane zbytnio w dół lub w górę.
Gałęzie wycinamy ostrymi narzędziami. Grubsze konary wycinamy w zimie. Staramy się pozostawiać miejsca cięć wklęsłe, aby blizny nie szpeciły pnia. Można to osiągnąć przez wycięcie gałęzi z pozostawieniem odcinka kory, którą przykrywa się miejsce cięcia, a całość owiązuje się rafią. Skracając gałęzie staramy się, aby kierunek cięcia był ukośny, a powierzchnia cięcia skierowana ku górze.
Cięcie gałęzi nadaje drzewku podstawową formę. Dlatego przed tym zabiegiem musimy zdecydować, które gałęzie powinniśmy usunąć, aby kształt drzewka odpowiadał wybranemu stylowi. Układ gałęzi drzewka o pniu wyprostowanym – uformowanego w stylu Chokkan – jest następujący. Najniższa gałąź powinna rosnąć na prawo lub na lewo, lecz nigdy do przodu lub do tyłu. Gałąź ta powinna wyrastać na 1/3-1/2 wysokości drzewka. Jest to gałąź najbardziej widoczna, w związku z czym winna być oryginalnie uformowana. Gałąź druga od dołu, nadająca głębię kompozycji, jest skierowana do tyłu, lekko w prawo lub w lewo. Gałąź trzecia skierowana jest w stronę przeciwną niż pierwsza i jest od niej krótsza. Czwarta gałąź rośnie w przeciwną stronę niż trzecia, czyli w tę samą stronę co pierwsza. Do przodu – jednak nigdy całkiem, lecz lekko w prawo lub w lewo – rośnie gałąź piąta. Podobny jest układ wyżej rosnących gałęzi, zagęszczających się w miarę zbliżania do wierzchołka.
Przeważnie gałęzie formuje się tak, aby ich zarys miał kształt trójkąta, nieregularnego czworokąta lub grotu. Liczba gałęzi może być różna. Lepiej jednak, aby początkowo było ich więcej, gdyż niepotrzebne można usuwać w trakcie wzrostu drzewka. Gałąź w żadnym wypadku nie może być grubsza od pnia. Jej grubość powinna wynosić połowę grubości pnia w miejscu wyrastania gałęzi. Jeśli gałąź jest zbyt cienka, pozostawiamy wszystkie wyrastające na niej pędy i formujemy dopiero wtedy, gdy pogrubieje. Jeśli drzewko jest zbyt wysokie, możemy formować jedną z gałęzi jako nowy wierzchołek. W tym celu wykorzystujemy gałązkę rosnącą do przodu.
Jeśli układ gałęzi na formowanym przez nas drzewku – mimo że staraliśmy się trzymać omówionych zasad – nie jest idealny, nie należy tym się zrażać. Pogoń za ideałem jest sensem sztuki bonsai i stanowi o indywidualnym charakterze każdego drzewka.