Przez wiele stuleci do kształtowania bonsai wykorzystywano rośliny pochodzące ze strefy klimatu umiarkowanego. Od kilku dziesięcioleci miniaturowe dzieła sztuki tworzy się również z gatunków tropikalnych.

Długa historia sztuki bonsai miała swój początek w Chinach za panowania dynastii Cin (221-207 p.n.e.). Właśnie w chińskiej sztuce ogrodniczej została zapoczątkowana tradycja uprawy roślin w doniczkach.

Pierwsza pisemna wzmianka o bonsai znajduje się w odzie „Powrót”, napisanej przez T’ao Yuanminga (427-365 r. n.e). Używał on chińskich znaków pisarskich „p’en” (bon) i „tsai” (sai), aby opiewać piękno dzikich chryzantem.

Najstarsze wizerunki bonsai widnieją na ściennych malowidłach w grobowcu zbudowanym w roku 706 n.e. Spoczywa tam książę Chang Huai. W Japonii pierwsza ilustracja przedstawiająca bonsai pojawiła się dopiero w książce „Naturalne metody malarstwa figuratywnego”, pochodzącej z XIV w. W połowie XVIII w. w kraju tym rozwinęły się 'wyrafinowane formy bonsai. Do tego czasu wykorzystywano prawie wyłącznie rośliny strefy klimatu umiarkowanego, charakteryzującego się zmiennością pór roku. Dopiero upowszechnienie się sztuki bonsai na cały świat spowodowało, że jej miłośnicy w krajach tropikalnych zaczęli wykorzystywać również rodzime rośliny do kształtowania miniaturowych drzewek. Obecnie także w Europie jako bonsai uprawiane są w mieszkaniach gatunki pochodzące ze stref tropikalnych i subtropikalnych obok tradycyjnych bonsai rosnących przez cały rok w ogrodach.