Inną metodą, stosowaną w japońskich i amerykańskich szkółkach bonsai, jest uprawa drzewek w gruncie. Rośliny takie są traktowane tak jak drzewka posadzone w pojemniku, wobec czego są objęte wszystkimi zabiegami (cięcie gałęzi, korzeni, uszczykiwanie pędów i kształtowanie za pomocą drutu). Jednak przyrost pnia na grubość jest w tym przypadku o wiele szybszy niż u drzewka posadzonego w pojemniku.

Zabiegiem, którego zastosowanie powoduje szybki przyrost grubości pnia, jest mocne ściśnięcie pnia przy samej powierzchni ziemi za pomocą pierścienia z drutu aluminiowego. Zabieg ten powoduje „puchnięcie” pnia powyżej założonego pierścienia. Drut należy założyć wiosną i bezwzględnie usunąć jesienią tego samego roku.

Często spotykaną wadą pni bonsai jest brak zbieżystości pnia, Pień szpecą również nienaturalne zgrubienia. Bonsai utworzone w stylu wymagającym uformowania wygiętego pnia drzewka (Moyogi, Kengai, Shakan) może stracić swój wdzięk, jeśli wygięcia pnia są zbyt ostre, jest ich za dużo lub są skierowane w nieodpowiednią stronę.

Na ostateczny efekt bonsai wpływa również wygląd kory drzewka. Może ona być szorstka, jak u sosny, świerka, cedru oraz większości drzew liściastych, może być szorstka i postrzępiona, jak u jałowca, cyprysika czy kryptomerii lub brzozy.

Z pnia drzewa, będącego główną osią kompozycji, wyrastają gałęzie, tworząc szkielet wyznaczający formę bonsai. W dużej mierze zależy ona od kąta nachylenia gałęzi w stosunku do pnia drzewka. Do jakiego stopnia kąt ten może wpłynąć na wygląd drzewka.