Do właściwego formowania i pielęgnacji bonsai konieczny jest zestaw narzędzi, którymi będziemy się posługiwać. W krajach, gdzie sztuka bonsai jest szeroko znana, zestawy takie są sprzedawane w specjalistycznych sklepach i firmach ogrodniczych. Narzędzia używane przy bonsai nie powinny służyć do innych celów i muszą być utrzymywane w dobrym stanie. Tępe lub wyszczerbione mogą tylko przynieść szkodę drzewku. Na początku możemy zadowolić się jedynie nożem ogrodniczym, sekatorem i nożyczkami, lecz rychło przekonamy się, że niezbędny jest większy zestaw narzędzi, to znaczy:
– duży sekator do cięcia grubych gałązek i korzeni,
– nożyce do usuwania i skracania cieńszych gałązek i korzeni,
– delikatne, ostro zakończone nożyczki do cięcia liści i igieł,
– piłka z drobnymi ząbkami do cięcia gałęzi, pni i korzeni grubych lub takich, których wycięcie sekatorem jest niemożliwe,
– krótki i ostry nóż ogrodniczy, służący do różnych zabiegów,
– obcążki od obcinania drutu, używane przy drutowaniu pni i gałęzi,
– szczypce z długimi szczękami, ułatwiające drutowanie w mocno rozgałęzionej koronie,
– mała zaokrąglona szufelka lub cienkościenna rurka z nierdzewnego materiału (zakorkowana z jednej strony, a skośnie ucięta z drugiej) do podsypywania podłoża między korzenie podczas sadzenia i przesadzania,
– pałeczka bambusowa, szklana lub plastykowa do usuwania ziemi spomiędzy korzeni podczas sadzenia lub przesadzania,
– szeroki pędzel do wygładzania powierzchni ziemi,
– pinceta do usuwania martwych liści, igieł, chwastów i szkodników,
– przyrząd do wyginania pni i konarów,
– dłuta do wygładzania ran i sztucznego postarzania pni.