Równie ważny jak kształt jest kolor pojemnika. Uważa się, że powinien być przytłumiony – nie rzucający się w oczy, lecz podkreślający delikatnie urodę drzewka. Czasem, dla szczególnie pięknych drzewek, stosuje się pojemnik o ostrym, kontrastowym kolorze, wzmacniając w ten sposób uzyskany efekt.
Dla drzew o jasnych liściach, a także dla drzew o ozdobnych kwiatach lub owocach należy stosować glazurowane pojemniki o kolorach stanowiących dopełnienie dominującej barwy drzewka. Dla drzewek o kwiatach białych używa się na ogół pojemników ciemnoczerwonych.
Dla drzew liściastych o liściach ciemnych lub jasnych, lecz przebarwiających się jesienią – stosuje się pojemniki ciemnoszare, ciemnoczerwone lub ciemnobrązowe. Drzewa iglaste sadzi się przeważnie w pojemniki nieglazurowane o barwie brązowej, szarej lub o naturalnej barwie gliny. Pojemniki glazurowane dłużej utrzymują wilgoć podłoża i z tego względu nie należy stosować ich dla drzewek iglastych, szczególnie dla okazów starszych.
W Japonii stosuje się najczęściej pojemniki brązowe, zielone, szare i białe. Młode drzewka dobrze wyglądają w płytkich, jasnych pojemnikach. Drzewa stare o mocnym, szorstkim pniu wymagają pojemników solidnych, obszernych i głębszych, o ciemnym, przytłumionym kolorze. Drzewa o pniu prostym wyglądają lepiej w pojemnikach prostokątnych lub kwadratowych. Pojemniki owalne i okrągłe pasują do drzewek o pniu i gałęziach powyginanych, np. uformowanych w stylu Moyogi. Dla drzewek o wyrafinowanej formie, ukształtowanych w stylu Bunjin, pojemnik powinien być okrągły, bardzo mały i płytki – nie powinien być zbyt kolorowy.