Pojemnik stanowi dopełnienie kompozycji, w związku z czym musi być zachowana harmonia między nim a drzewkiem. Dobry pojemnik nie może być „przerysowany”, aby zbyt natrętnie nie przyciągać uwagi, lecz dzięki odpowiedniej wielkości, barwie, formie i fakturze powinien podkreślać piękno bonsai.
Długość pojemnika musi być trochę mniejsza niż 2/3 wysokości drzewka. W wypadku gdy wysokość drzewka jest mniejsza od jego szerokości, długość pojemnika musi być nieco mniejsza od 2/3 szerokości drzewka.
Głębokość pojemnika powinna być równa średnicy nasady pnia drzewka. Zasada ta nie obowiązuje w stylu kaskadowym oraz w kompozycjach grupowych.
Szerokość pojemnika powinna być mniejsza od rozpiętości najszerszych gałęzi.
Ze względu na kształt podstawy pojemniki dzielą się na:
– okrągłe – Marugata, które mogą być płytkie lub głębokie, o podstawie dowolnej wielkości. Mimo że okrągłe pojemniki sprzyjają dobremu wzrostowi drzewka, używanie ich jest ograniczone, gdyż stosunkowo mało wzbogacają ogólny wygląd bonsai;
– kwadratowe – Kakugata, charakteryzujące sie większą głębokością niż szerokością, używane głównie w stylu kaskadowym i półkaskadowym;
– prostokątne – Chohogata, produkowane w wielu wersjach i najczęściej używane dla drzew zarówno iglastych, jak i liściastych o mocnych pniach.
– owalne – Daenbachi, używane równie często jak prostokątne. Dzięki temu, że kształt ich stwarza złudzenie perspektywy, służą też do nasadzeń grupowych oraz dla drzew o smukłych pniach;
– o różnych kształtach – Kawaribachi, często malowane lub rzeźbione, są używane rzadko.