W początkowym okresie sadzonki wymagają ciągłej opieki. W pierwszym tygodniu należy je kilka razy dziennie zraszać, aby liście i gleba były ciągle wilgotne. W razie silnego nasłonecznienia należy miejsce z sadzonkami zacieniować i wietrzyć. W drugim tygodniu zraszanie można ograniczyć, pamiętając jednak, że podłoże powinno być wilgotne. Gdy wytworzą się korzenie, co można poznać po wyrastaniu świeżych pędów z sadzonki, należy podlewać tylko wtedy, gdy podłoże jest suche i trzeba zdjąć folię. Jeśli podczas ukorzeniania zauważymy u jakiejś sadzonki objawy choroby, należy ją bezwzględnie usunąć, a pozostałe sadzonki opryskać roztworem wodnym fingicydu: Kaptanu, Benlate lub Dithane. Sadzonki drzew i krzewów ukorzeniają się dość długo, lecz na ogół przed upływem 8 miesięcy. Brzostownica ma korzenie już po 4 tygodniach, a jałowiec dopiero po 6-8 miesiącach. Ukorzenione sadzonki przesadzamy do doniczek i po 4 tygodniach pierwszy raz nawozimy. Zimą należy je przechowywać w temperaturze powyżej 0°C. Po roku lub 2 latach, w zależności od wielkości i kondycji rośliny, należy rozpocząć jej kształtowanie.
Rośliny można rozmnażać wegetatywnie również innymi metodami, np. przez kopczykowanie, odkłady i szczepienie. Dokładne opisy tych sposobów rozmnażania znaleźć można w literaturze specjalistycznej.
W sztuce bonsai odkłady i szczepienie znajdują zastosowanie nie tylko w rozmnażaniu roślin, ale również do korygowania ich kształtu. Odkłady powietrzne, rzadko stosowane w szkółkarstwie ozdobnym, wykorzystuje się w sztuce bonsai do skracania zbyt długich pni. Zabieg ten powinien być wykonany wiosnę po rozpoczęciu wzrostu rośliny (kwiecień, maj). W wybranym miejscu wykonujemy ostrym nożem dwa skośne cięcia w górę po obu stronach pnia. Odginając lekko pień nanosimy na powstałe rany preparat przyspieszający wytwarzanie korzeni, a w szpary wkładamy zwitki mchu lub mały kamyk, aby rany się nie zrosły. Na wysokości wykonanych nacięć dokładnie obkładamy pień wilgotnym torfem i szczelnie okrywamy folią, zawiązując sznurkiem jej końce dookoła pnia.
Czas ukorzeniania zależy przede wszystkim od rodzaju rośliny. Wierzba wytwarza korzenie po sześciu tygodniach, buki po trzech miesiącach. Drzewa i krzewy iglaste ukorzeniają się tym sposobem 12-14 miesięcy.
Po wytworzeniu przez roślinę korzeni w odkładzie powietrznym zdejmujemy folię i odcinamy pień poniżej korzeni. Otrzymane w ten sposób drzewko o skróconym pniu sadzimy do pojemnika. Ze względu na naruszenie proporcji między częścią nadziemną a systemem korzeniowym roślinę ustawiamy w miejscu zacienionym i osłoniętym od wiatru. Przez miesiąc drzewko zraszamy 2-3 razy dziennie i tak podlewamy, aby podłoże w pojemniku było zawsze lekko wilgotne.