Nigdy nie stosuje się nawozu na suchą ziemię, gdyż może to doprowadzić do uszkodzenia korzeni. Jeżeli podłoże jest suche, powinno zostać najpierw obficie nawodnione i dopiero godzinę później można je zasilić.

Należy możliwie najdokładniej przestrzegać zaleceń podanych w informacjach o konkretnych roślinach. Dotyczy to przede wszystkim zakazu nawożenia niektórych bonsai w zimie. Rośliny mogą przyswajać składniki pokarmowe wyłącznie w postaci soli mineralnych. W związku z tym nawóz nieorganiczny jest od razu pobierany przez korzenie, natomiast organiczny (np. japoński nawóz w kulkach) musi zostać najpierw rozłożony przez organizmy glebowe. Z tej przyczyny nawóz organiczny działa z wyraźnym opóźnieniem.

Stosując nawóz, trzeba przestrzegać instrukcji przygotowania podanej na jego opakowaniu. Należy szczególnie uważać, aby nie przedawkować, gdyż może to spowodować tzw. spalenie korzeni. Niekiedy udaje się wypłukać nadmiar nawozu woda.