Podłoże, omawiane w opisach poszczególnych roślin, zawsze zawiera pewną ilość ziemi Akadama, odznaczającej się domieszką czerwonej glinki. Ma ona tę zaletę, że w wilgotnym stanie jest zdecydowanie ciemniejsza niż w suchym. Konieczność obfitego podlania występuje najpóźniej w momencie, gdy podłoże stało się jasne. Zamiast ziemi Akadama możemy zastosować mieszaninę torfu z gruboziarnistym piaskiem (1:1).
Do podlewania należy używać możliwie miękkiej wody o temperaturze pokojowej. Stosowanie twardszej wody, o stopniu twardości powyżej 2° DH, prowadzi nie tylko do powitania brzydkich wapiennych wykwitów na brzegu naczynia i powierzchni ziemi, ale również zmienia pH podłoża. Natomiast zbyt zimna woda może wywołać u wielu tropikalnych i subtropikalnych roślin szok i doprowadzić do uszkodzenia korzeni. Najlepszą metodą gruntownego nawodnienia podłoża jest zanurzenie. W tym celu należy przygotować plastykową wanienkę z wodą o temperaturze pokojowej. Wstawia się do niej naczynia z bonsai. Woda powinna sięgać tuż pod górny brzeg naczynia. Przez otwory odpływowa w dnie podłoże zostaje dokładnie nawilżone. Gdy tylko powierzchnia ziemi nabierze znów ciemnego zabarwienia, naczynie może zostać wyjęte z wanienki i ustawione w taki sposób, aby nadmiar wody mógł dobrze odpłynąć. Do tego celu można wykorzystać zlewozmywak z ukośnym ociekaczem. Oczywiście, można również podlewać bonsai w zwykły sposób. Ponieważ jednak wodę leje się do momentu, aż zacznie ona wypływać przez otwory odpływowe w dnie, należy wstawić naczynie na przykład do wanny lub kabiny prysznicowej.
Dopiero, gdy woda przestanie już wyciekać, można odstawić bonsai na stałe miejsce.