Nie ma w zasadzie żadnej normy określającej wysokość bonsai. Każde drzewo lub krzew formowane jako miniatura swobodnie rosnącej rośliny i umieszczone w pojemniku może być tak nazwane. Wysokość bonsai ograniczają jedynie względy praktyczne.

W przeszłości wysokość ich nie przekraczała 60 cm, co było związane z eksponowaniem drzewek w niedużych pomieszczeniach i łatwością ich przenoszenia. Dzisiaj, gdy bonsai są wystawiane na dużych wystawach, muszą być okazałe, aby przyciągnąć uwagę widza. Dlatego wysokość i szerokość bonsai przekraczają czasem 1 m. Najczęściej spotyka się jednak drzewka wysokości 20-40 cm, chociaż niektórzy faworyzują marne – bonsai, czyli drzewka wysokości do 10 cm.