Bonsai są klasyfikowane na wiele sposobów, z których jeden przedstawiono poniżej.

1 Shohaku bonsai – bonsai z drzew iglastych. Najczęściej spotyka się w tym stylu goyomatsu – sosnę drobnokwiatową, nazywaną przez twórców bonsai japońską białą sosną, kuromatsu -sosnę Thunberga, nazywaną japońską czarną sosną, akamatsu – sosnę gęstokwiatową, nazywaną japońską czerwoną sosną, sugi
–    kryptomerie japońską, hinoki – cyprysika tępołuskowego. Są to rośliny najczęściej stosowane w sztuce bonsai. Ich wyrafinowane kształty, wdzięk i prostota, z jaką naśladują drzewa rosnące w naturze, stanowią istotę wabi i sabi. Zaletą ich jest również łatwość, z jaką przystosowują się do życia w warunkach bardzo odbiegających od naturalnego środowiska.

2.    Zoki bonsai – bonsai z drzew i krzewów liściastych. Część z nich tworzy wspaniałe kwiaty. Są to przede wszystkim: ume -Prunus mume, sakura – Prunus donarium, satsuki – azalia japońska, kaido – jabłoń niska, zakuro – granat właściwy i boke – pig-wowiec okazały. Inne charakteryzują się zmianami w wyglądzie w zależności od pory roku. Głównymi ich reprezentantami są keyaki
–    brzostownica japońska, kade – Acer buergerianum, momiji -klon palmowy, soro – grab japoński, shurakaba – brzoza brodaw-kowata i buna – Fagus crenata. Z drzew tych formuje się najczęściej małe lasy lub grupy drzew. Równie łatwe jest formowanie drzew z tej grupy w innych, trudniejszych, stylach.

3.    Mimono bonsai – bonsai z ozdobnymi owocami. Do ich uformowania wykorzystuje się karin – pigwowiec chiński, ume-nodoki – llex serrata, zakuro – granat właściwy, gumi – oliwnik wąskolistny, yusuraume – wiśnię kosmatą. Bonsai z tych drzew są bardzo popularne wśród początkujących.